O seu nome oficial é uma homenagem aos pais do seu instituidor, o empresário António de Sommer Champalimaud. O empresário doou 500 milhões de euros para que a Fundação possa desenvolver, apoiar e promover a ciência em Portugal.
O objectivo da Fundação é promover a investigação científica em Biomedicina, em especial nas áreas do Cancro e Neurociências.
O Centro de Investigação para o Desconhecido da Fundação Champalimaud é um projecto de autoria do arquitecto goês Charles Correa, inaugurado a 5 de outubro de 2010. O conjunto inclui dois blocos principais: o Centro de Pesquisa/Tratamento e o Auditório.
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A organização instituiu o "Prémio de Visão António Champalimaud", com o valor de 1 milhão de euros, atribuído a instituições de qualquer país do mundo que se destaquem no combate às doenças que afectem a visão.
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Em 2012, mais de 1500 cientistas responderam ao inquérito da revista norte-americana The Scientist, para a escolha dos melhores locais para investigadores pós-doutorados trabalharem. A Fundação Champalimaud ficou em primeiro lugar na lista dos melhores sítios para trabalhar fora dos Estados Unidos.
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