Em 22 de Maio de 1508, o Papa Júlio II autorizou a Raínha D. Leonor de Portugal a levar religiosas de outros conventos para uma Igreja-Convento da Madre de Deus, a construir por seu patrocínio.
Em 21 de Fevereiro de 1509, D. Leonor compra umas casas e uma horta a D. Inês, viúva de Álvaro da Cunha. Em 18 Junho, são instaladas no local sete freiras provenientes do Convento de Jesus, em Setúbal. Em 23 Junho, a igreja começou a ser construída, com uma nave, claustrim e torre sineira. Aplicados dois medalhões cerâmicos dos Della Robbia na fachada principal, a Igreja foi sagrada pelo bispo de Lisboa, D. Martinho da Costa. Em 12 de Setembro de 1517, chegam ao Convento as relíquias de Santa Auta e do Santo Sudário, doadas pelo Imperador Maximiliano I, primo de Leonor.
Em 1522 são pintados os Painéis de Santa Auta (aut.desconhecido), mostrando a Igreja concluída.
Painéis de Santa Auta (chegada das relíquias).
Sala do Presépio «« (clique para ver)
Coro Alto, cadeiral, Sala das Relíquias